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1、法律地位不同
（1）子公司是獨立的法人，具有法人資格，擁有獨立的公司名稱、公司章程以及組織機構，并且對外以自己的名義從事生產經營活動。
（2）分公司不具有法人資格，沒有獨立的公司名稱、公司章程以及組織機構，以總公司分支機構的名義從事生產經營活動。
2、受控制方式不同
（1）一般母公司對子公司不直接控制，而是通過任免子公司的董事會成員、作出投資決策/決定等方式達到影響子公司的生產經營活動目的。
（2）分公司的人事、業務、財產受總公司的直接控制，在總公司的經營范圍之內從事生產經營活動。
3、營業執照不同
（1）子公司領取的是企業法人營業執照，有法定代表人姓名等字樣，經營范圍可以自行選擇。
（2）分公司領取的是營業執照，只有負責人的字樣，而且經營范圍不能超過總公司的經營范圍。
4、產品包裝標注不同
（1）子公司在產品外包裝上必須標注自己的名稱和住所。
（2）分公司可以標注自己的名稱、住所，也可以同時標注總公司的名稱、住所，還可以只標注總公司的名稱、住所。
5、稅款繳納不同
（1）子公司應當按月（或季）預繳企業所得稅、年底進行匯算清繳，都是單獨計稅，在注冊地繳納稅款。
（2）分公司，應當和總公司匯總，計算繳納企業所得稅。
1、子公司的處理
子公司是作為獨立法人，實行獨立核算并獨立申報納稅，是完全獨立的納稅人，承擔全面的納稅義務。
2、分公司的處理
分公司作為分支機構的一種，適用總分機構的相關政策。
總機構和分支機構應依法辦理稅務登記，接受所在地主管稅務機關的監督和管理。
（1）企業所得稅方面
對于分公司的企業所得稅管理：符合規定條件的匯總納稅的分公司，實行“就地預繳、匯總清算”；無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，又無法證明分支機構的，按照獨立納稅人就地繳納企業所得稅；分公司實行獨立核算、不匯總納稅的，按照獨立納稅人就地繳納企業所得稅。
對于列名企業的下屬二級分支機構均應按照企業所得稅的有關規定向當地主管稅務機關報送企業所得稅預繳申報表或其他相關資料，但其稅款由總機構統一匯總計算后向總機構所在地主管稅務機關繳納。
（2）增值稅方面
分公司（屬于分支機構的組成部分，為便于與文件對接，以下統稱分支機構）銷售貨物、提供加工修理修配勞務的增值稅的納稅地點
根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條規定，固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。因此，分支機構的增值稅一般情況下就地申報納稅。
但是，該條同時規定，經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。
1、設立子公司的優勢
（1）子公司屬于獨立的法人，只負有有限的債務責任;
（2）子公司向母公司報告企業成果只限于生產經營活動方面;
（3）子公司是獨立法人，其所得稅計征獨立進行。子公司可享受東道國給其居民公司提供的包括免稅期在內的稅收優惠待遇;
（4）東道國運用稅率低于居住國時，子公司的累積利潤可得到遞延納稅的好處;
（5）許多國家對子公司向母公司支付的股息規定減征或免征預提稅。
2、設立分公司的優勢
（1）分公司一般便于經營，財務會計制度的要求也比較簡單;
（2）分公司承擔成本費用可能要比子公司節省;
（3）分公司不是獨立法人，就流轉稅在所在地繳納，利潤由總公司合并納稅。在經營初期，分公司往往出現虧損，但其虧損可以沖抵總公司的利潤，減輕稅收負擔;
（4）分公司與總公司之間的資本轉移，因不涉及所有權變動，不必負擔稅收。
先注銷分公司，再成立子公司。
1、注銷分公司程序
（1）到分公司所在工商局領取《分公司注銷登記申請書》。
（2）準備注銷登記的相關材料：
申請書 經辦人身份證 公司決議 營業執照 銀行清戶證明 完稅證明 分公司公章注：具體以當地工商局要求為準
（3）提交資料和申請書，工商局核準后進行分公司撤銷備案。
2、成立子公司程序
（1）到工商局領取設立企業的相關表格并進行填寫，如《企業設立登記申請書》《企業設立登記申請表》等；
（2）攜帶法人身份證、經辦人身份證和分公司名稱填寫《名稱預先核準申請書》，審批通過后拿到《企業名稱預先核準通知書》；
（3）準備好注冊資料，遞交分公司所在地的工商局進行注冊申請。等領取到營業執照后30日辦理組織機構代碼證和稅務登記證。注冊資料一般包括總公司撥款證明、任命文件、總公司章程、公司撥付給分公司使用的資金數額證明文件等，以當地工商局要求為準。
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