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1、核定的范圍不同。定期定額征收核定的范圍是經主管稅務機關認定和縣以上稅務機關批準的生產、經營規模小，達不到《個體工商戶建賬管理暫行辦法》規定設置賬簿標準的個體工商戶的稅收征收管理。另外，個人獨資企業稅收定額管理比照執行。核定征收核定的范圍是《稅收征管法》第三十五條規定的應當設置但未設置賬簿的或者雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查賬的等情況。其中有個體工商戶、小規模企業、企事業單位等。
2、核定的時間等前提條件不同。定期定額核定是在納稅申報之前，是一種預先的核定，一種事先的推定，是對將來可能發生的納稅事實的推定，而不是對已經發生的納稅事實的推定，也可以說是事先確定一個繳納標準，有關納稅人須根據這個標準按照實際經營情況進行申報。核定征收是當納稅人違反了申報義務，或者記賬、保存憑證等其他協助義務時，稅務機關進行稅收核定，按規定在其申報之后，以申報為參考進行核定，是對已經發生的納稅事實的推定，是為了確認已經發生的納稅義務，對將來可能的稅收沒有確認作用。
3、核定的程序不同。定期定額征收核定的程序包括自行申報、核定定額、定額公示、上級核準、下達定額、公布定額等六個必要環節。核定征收核定的程序比較簡單，一般情況下要經過自行申報、核定定額、上級核準、下達定額等幾個環節，沒有定期定額征收核定的程序復雜。
4、核定定額的固定性不同。定期定額確定之后一段時間之內保持不變，如果納稅人營業額偏離了定額的一定比例就進行調整，納稅人繳納稅款并不是完全按照定額繳納，是按不低于定額的標準進行繳納。核定征收的定額是定量，一旦納稅人營業額發生了變化，核定征收稅額就必須發生變化，納稅人繳納稅款要按照核定的稅額繳納，一般只有稅務機關核定稅額被納稅人有依據指正錯誤才進行調整。
5、核定后的申報征收方式不同。定期定額戶在申報方面有一些優惠政策，一是可以實行簡易申報，即定期定額戶，應當在稅務機關規定的期限內按照法律、行政法規規定繳清應納稅款，當期可以不辦理申報手續。二是可以簡并征期，即將幾個征收期進行合并為一個征收期，對那些經營地點偏遠、繳納稅款數額較小的定期定額戶，稅務機關可以按照法律、行政法規的規定簡并征期。核定征收的申報是建立在納稅人已經申報而申報不實、到期未申報、通知申報而不申報等基礎上的，不享受這些優惠。
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